Aeons należą do jednej z czterech wielkich frakcji: Olimpu, domu greckiego panteonu; Teb, krainy mitycznego Egiptu; Oceanu, gdzie mieszkają legendy mórz; oraz Podziemia, gdzie rządzą ciemniejsze mity. Poza frakcją każda Aeons staje po stronie Porządku lub Chaosu — to ma znaczenie dla niektórych efektów drużynowych i decyzji fabularnych.
Role bojowe podążają za czterema klasycznymi klasami. Czołgi trzymają pierwszą linię i wchłaniają obrażenia, Wojowniczki zadają ciężkie obrażenia pojedynczemu celowi lub w obszarze, Łuczniczki atakują z dystansu i wykorzystują słabe punkty, a Wsparcie leczy, osłania i wzmacnia resztę drużyny. Zrównoważony skład zwykle miesza wszystkie cztery — drużyny czysto ofensywne szybko czyszczą etapy fabuły, ale grzęzną w długich walkach z bossami.
Rzadkość biegnie od SSS na szczycie do F. Aeons o wysokiej rzadkości startują z lepszymi statystykami bazowymi i dodatkowymi umiejętnościami, ale postacie o niskiej rzadkości nie są bezużyteczne: więzi, przebudzenie i ekwipunek mogą przenieść faworytkę do zawartości końcowej gry, a kilka darmowych postaci z fabuły to naprawdę mocne wybory.